L'intervento chirurgico, praticato con una certa frequenza in passato, in caso di ulcera peptica benigna "ricorrente" o "intrattabile", aveva come obiettivo quello di ridurre l'ipersecrezione acida. Le mutazioni apportate innanzitutto dall'innovazione farmacologica e successivamente dalle conoscenze sul ruolo patogenetico dell'H.pylori hanno drasticamente ridotto (quasi azzerato) il ricorso a tale opzione. Le attuali indicazioni all'approccio chirurgico sono rivolte alle forme complicate dell'ulcera peptica, qualora il trattamento medico e/o endoscopico falliscano ( Rege et al 2002), ed in particolare:

• emorragia con necessità di trasfondere 6-8 unità di sangue in 24-36 ore o ad elevata recidivanza, pur in assenza di infezione da H.pylori e di assunzione di FANS
• ulcere perforate o penetrate
• stenosi del bulbo duodenale, non responsiva ad eradicazione dell'H.pylori e a trattamento endoscopico
• ulcere gastriche "maligne"
• ulcere intrattabili o terapia di mantenimento fallimentare "in epoca PPI"

Gli interventi praticabili consistono nella resezione gastrica, nella vagotomia o nell'associazione delle due. Prima dell'introduzione dei PPI, la scelta tra resezione e vagotomia, nel trattamento dell'UD resistente a terapia medica, è stata per anni oggetto di dibattito, mentre per l'UG l'intervento elettivo era costituito dalla resezione gastrica.
La resezione gastrica distale comporta generalmente l'asportazione dell'antro, con i due terzi dello stomaco, e dell'area iuxtapilorica del duodeno; ovviamente, l'ulcera è compresa nell'area asportata. La parte fundica restante, diventa meno acido secernente, per diminuzione degli stimoli e per comparsa di atrofia. L'anastomosi può essere gastro-duodenale (secondo Billroth I) o gastro-digiunale (secondo Billroth II). Il vantaggio del primo tipo, che richiede che il duodeno in area anastomotica sia privo di lesioni, è il rispetto della fisiologia, con persistenza del normale stimolo alla secrezione pancreatica da parte del chimo che giunge in sede duodenale.

La vagotomia tronculare, ha lo scopo di abolire la secrezione cloridro-peptica, tramite l'eliminazione della fase cefalica e la riduzione di quella gastrica. Lo svantaggio di questo intervento consiste nel decremento della motilità gastrica, per cui è indicata l'associazione di una piloroplastica per facilitare lo svuotamento del viscere ( Rege et al 2002). La vagotomia altamente selettiva, che mantiene l'innervazione dell'antro, non richede un procedimento di drenaggio, perché la funzione della pompa antrale è conservata e lo svuotamento gastrico non è disturbato. La ricorrenza ulcerosa è segnalata in percentuali elevate comprese tra il 5 e il 20% ( Rege et al 2002), ma ciò è bilanciato dal fatto che non si assiste alla comparsa delle sindromi post-vagotomiche o post-gastrectomiche.