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 L'H pylori é un batterio Gram-negativo (cioé perde il colore nella metodica di colorazione di Gram), appartenente insieme ad oltre venti altre specie al genere Helicobacter.
L'ambiente in cui il batterio trova le condizioni favorevoli per la crescita richiede un'atmosfera poco ossigenata, e perciò è definito microaerofilo. In condizioni ambientali sfavorevoli, come per esempio in corso di incremento della pressione parziale di ossigeno, della temperatura o in caso di trattamento con farmaci inibitori della pompa protonica o antibiotici, il microrganismo trasforma il proprio aspetto da bacillare (tipo bastoncello) a coccoide (tipo globoso, simile ad una bacca), evento di significato controverso ( Marais et al. 1999).
La nicchia dell'H .pylori é rappresentata dallo stomaco dei primati, dove vive tra lo strato di muco e l'epitelio gastrico.
La capacità del batterio di resistere all'acido é legata prevalentemente alla sua attività ureasica, mediante la quale si scinde l 'urea in ossido di carbonio e ammoniaca e quest'ultima neutralizza l'acido prodotto nella cavità gastrica. Al tempo stesso l'attività ureasica é implicata nella colonizzazione (cioé l'innidamento) e nella patogenicità (cioé la capacità di indurre eventi patologici) del batterio, in quanto sembrerebbe determinare un'azione lesiva, diretta, sui tessuti da parte dell'ammoniaca ( Montecucco et al.1999).
L'adesività del microrganismo é un processo necessario per la colonizzazione gastrica e ad essa concorrono delle proteine della parete chiamate adesine.
 Un importante fattore che permette la colonizzazione é la motilità dell'H. pylori, possibile sia grazie alla presenza di flagelli polari che alla sua forma a spirale.
Alla sopravvivenza delle colonie infettanti concorrono inoltre enzimi (cioé molecole che accellerano reazioni chimiche) come la catalasi e la superossido dismutasi che le proteggono dall'effetto battericida (in grado cioé di uccidere i batteri) delle cellule dell'infiammazione.
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